В институте действует пять кафедр:

• Кафедра 101 «Проектирование и сертификация авиационной техники»;
• Кафедра 102 «Проектирование вертолётов»;
• Кафедра 104 «Технологическое проектирование и управление качеством»;
• Кафедра 105 «Аэродинамика летательных аппаратов»;
• Кафедра 106 «Динамика и управление полётом пилотируемых летательных аппаратов».

В состав института «Авиационная техника» входит ряд научных и конструкторских подразделений:

• отраслевое специальное конструкторское бюро экспериментального самолётостроения;
• студенческое конструкторское бюро авиационного моделирования;
• ресурсный центр в области производства летательных аппаратов;
• центр проектно-конструкторских технологий авиационной техники и др.