В составе института 7 кафедр:

• Кафедра 902 «Сопротивление материалов, динамика и прочность машин»;
• Кафедра 903 «Перспективные материалы и технологии аэрокосмического назначения»;
• Кафедра 904 «Инженерная графика»;
• Кафедра 908 «Физическая химия»;
• Кафедра 910Б «Механика наноструктурных материалов и систем»;
• Кафедра 912Б «Авиационные материалы и технологии в медицине»;
• Кафедра 914 «Проектирование сложных технических систем».

Институт общеинженерной подготовки (Институт № 9) осуществляет подготовку по трём направлениям бакалавриата (срок обучения: 4 года):

• 12.03.04 «Биотехнические системы и технологии», профиль подготовки:
  «Инженерное дело в медико-биологической практике» (выпускающая кафедра 903);
  
• 15.03.03 «Прикладная механика», профиль подготовки:
  «Математическое моделирование в динамике и прочности конструкций» (выпускающая кафедра 902);
• 24.03.04 «Авиастроение», профиль:
  «Компьютерный инжиниринг (CAE-технологии) в авиастроении» (выпускающая кафедра 910Б).

Одной специальности (срок обучения: 5,5 лет):

• 24.05.01 «Проектирование, производство и эксплуатация ракет и ракетно-космических комплексов», специализация:
  «Проектирование конструкций и систем радиотехнических информационных комплексов» (выпускающая кафедра: 914)

А также по направлениям магистратуры (срок обучения: 2 года):

• 15.04.03 «Прикладная механика», программа подготовки:
  «Математическое моделирование в динамике и прочности конструкций» (выпускающая кафедра: 902)
• 22.04.02 «Металлургия», программа подготовки:
  «Аддитивные технологии в металлургии» (выпускающая кафедра: 904)
• 24.04.04 «Авиастроение», программа подготовки:
  «Авиационные материалы и технологии в медицине» (выпускающая кафедра: 912Б)

Кафедры института общеинженерной подготовки также обеспечивают подготовку студентов всего Московского авиационного института по фундаментальным инженерным предметам: сопротивление материалов (кафедра 902), детали машин и основы конструирования (кафедра 914), материаловедение и технология материалов (кафедра 903), инженерная графика (кафедра 904), химия (кафедра 908), в том числе и на иностранном языке.